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Le CR2P est le plus grand laboratoire français exclusivement dévolu à la paléontologie. La recherche du CR2P est axée sur l’histoire de la biodiversité et aborde les questions relatives à l’évolution des organismes et des écosystèmes à travers ses aspects paléobiologiques et paléoenvironnementaux. L’ensemble de ses activités s’appuie sur l’étude des fossiles. La plupart des grands groupes d’eucaryotes animaux ou végétaux sont étudiés sur l’ensemble du Phanérozoïque (les cinq cents derniers millions d’années).
Certains sites géologiques et fossiles étudiés par le CR2P ont un statut patrimonial (e.g. collections paléontologiques du MNHN et de l’UPMC ; stratotypes). Le CR2P est par conséquent impliqué dans les problématiques de conservation, de réglementation et d’éthiques sur ces objets anciens.